Os programas de análise filogenética levam em consideração uma matriz de dados (caracteres x táxons) para construção de uma árvore filogenética. Nesta árvore são mostrados os valores de parentesco (sinais filogenéticos) entre um galho e outro. Alguns chegam próximos ao valor de 100, outros tem forte sinal de parentesco com 85, de 75 abaixo o sinal é fraco. Isso segundo o livro do Horácio.
A utilização da análise de parcimônia compreende a passagem da homologia primária para a homologia secundária. Além dos valores de parentesco, temos que ver a coerência biogeográfica das espécies encontradas. Dentro de um gênero, podemos ter espécies do Japão, da Noruega, do Alasca e da África do Sul, por exemplo, África do Sul e Japão com sinal filogenético forte é sinal de incoerência, e a partir daí temos de retirar as homoplasias (evoluções independentes, embora com produtos parecidos, iguais).
Foi-se o tempo em que os filogeneticistas esperavam onze meses - vide Swofford, manual do PAUP - de busca ininterrupta no Pentium II para se chegar a uma estimativa filogenética, sendo esta última não necessariamente, a ideal. Com o PAUP (Phylogenetic Analysis Using Parsymony), este tempo inteiro era gasto através de uma busca exaustiva, e por isso impraticável, desnecessária. Com o NONA, esse tempo de busca em uma análise semelhante o tempo de onze meses caiu para quatro horas - vide Goloboff, manual do NONA. A revolução fica pelo programa TNT (Tree analysis using New Technology), o mesmo Goloboff do NONA mais o Farris e o Nixon, mostraram que uma análise pode ser feita em 10 minutos.
O artigo Methods for Quick Consensus Estimation, do Goloboff & Farris (2001) nos mostra o histórico dos problemas, do efeito dos diferentes parâmetros usados pelos programas de análise filogenética para estimar as relações de parentesco, e o suporte relativo pela feição de árvores otimizadas através de algoritmos específicos.
Algoritmos, isso é o que muda, entre um e outro programa. Ferramentas necessárias para o uso em filogenia. Observando os abstracts do Willi Hennig Meeting Society, que inclui a participação de diversos brasileiros, o programa mais utilizado é o TNT. Embora com parâmetros diferentes, um resultado mais rápido é necessário, e uma nova discussão baseada nestes parâmetros é fato. PAUP e NONA deixados para trás, assim como o Hennig86 (interface DOS).
E assim a ciência evolutiva avança, que elegância.
A utilização da análise de parcimônia compreende a passagem da homologia primária para a homologia secundária. Além dos valores de parentesco, temos que ver a coerência biogeográfica das espécies encontradas. Dentro de um gênero, podemos ter espécies do Japão, da Noruega, do Alasca e da África do Sul, por exemplo, África do Sul e Japão com sinal filogenético forte é sinal de incoerência, e a partir daí temos de retirar as homoplasias (evoluções independentes, embora com produtos parecidos, iguais).
Foi-se o tempo em que os filogeneticistas esperavam onze meses - vide Swofford, manual do PAUP - de busca ininterrupta no Pentium II para se chegar a uma estimativa filogenética, sendo esta última não necessariamente, a ideal. Com o PAUP (Phylogenetic Analysis Using Parsymony), este tempo inteiro era gasto através de uma busca exaustiva, e por isso impraticável, desnecessária. Com o NONA, esse tempo de busca em uma análise semelhante o tempo de onze meses caiu para quatro horas - vide Goloboff, manual do NONA. A revolução fica pelo programa TNT (Tree analysis using New Technology), o mesmo Goloboff do NONA mais o Farris e o Nixon, mostraram que uma análise pode ser feita em 10 minutos.
O artigo Methods for Quick Consensus Estimation, do Goloboff & Farris (2001) nos mostra o histórico dos problemas, do efeito dos diferentes parâmetros usados pelos programas de análise filogenética para estimar as relações de parentesco, e o suporte relativo pela feição de árvores otimizadas através de algoritmos específicos.
Algoritmos, isso é o que muda, entre um e outro programa. Ferramentas necessárias para o uso em filogenia. Observando os abstracts do Willi Hennig Meeting Society, que inclui a participação de diversos brasileiros, o programa mais utilizado é o TNT. Embora com parâmetros diferentes, um resultado mais rápido é necessário, e uma nova discussão baseada nestes parâmetros é fato. PAUP e NONA deixados para trás, assim como o Hennig86 (interface DOS).
E assim a ciência evolutiva avança, que elegância.
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